Wirtschaftlich ist mit der Wende die großzügige Unterstützung durch den Trägerbetrieb VEB Kranbau vorbei und man stellt sich schnell auf neue Formen der Vereinsführung um, der nun als SV Motor Eberswalde gebildet wird. Die DDR-Liga (1990 NOFV-Liga Nord) wird als NOFV Oberliga Staffel Nord zu einer zunächst dritthöchsten Spielklasse im DFB. Diese kann zwei Jahre erhalten werden, dann muss man in die Verbandsliga Brandenburg absteigen, kehrt jedoch nach einem Jahr als Landesmeister in die Oberliga zurück.
Dabei hatte man als ehemalige BSG aus der Sportveinigung Motor die Wende weit besser überstanden als zahlreiche andere, vormals erstklassige (DDR-Oberliga) Vereine, von denen nun einige im Westendstadion gastierten und anders als bei Pokalauftritten zu DDR-Zeiten, auch schonmal das Feld als Verlierer verlassen mussten.