Seit 1996 machten sich die Fußballer des SV Motor, wie auch andere Mannschaftssportarten 'selbstständig' und gründeten die Abteilung als 'Fußballverein Motor' aus. Es folgte die sportlich beste Zeit des Vereins , auch wenn man sich zu DDR Zeiten einge Zeit "Zweitligist" nennen durfte, so wurde die damals Drittklassige NOFV-Oberliga in einem weit größeren Ligagebiet ausgespielt, als die kleinen DDR-Liga Staffeln und war durch die Teilnahme der West-Berliner Teams und einiger 'abgestürtzter' Traditionsvereine wesentlich attraktiver.
Für Motor besonders war, nach dem Niedergang des - im letzte DDR Jahr sogar mal erstklassigen - Handballvereins, der einzige sportliche Repräsentant der Stadt, der über die Landesgrenzen hinaus kam. Dadurch war man auch der einzige positive Repräsentant der Stadt, die gerade in diesem Zeitraum sonst überall nur durch Negativschlagzeilen bekannt geworden war.
Anders kam dies seltsamerweise direkt vor Ort an. Denn nach der Wende stand Stahl Finow nicht mehr als Derbygegner bereit und spielte stehts eine Klasse tiefer. Dadurch war Motor sportlich in der weiteren Umbgebung die letzte höherklassige Mannschaft, was ihr jedoch vor allem von anderen Vereinen den Ruf der "Arroganz" einbrachte.
Das Westendstadion, vorher eher ein funktionaler Sportplatz wurde in diesem Zeitraum mit einigen markannte Ausbauten deutlich aufgewertet und bekam erst einen richtigen Stadioncharakter.
In diese Zeit fällt auch eine sehr erfolgreiche Jugendarbeit, die sich in mehreren Landesmeistertiteln und Regionalligateilnahme ausdrückte, wobei man sogar mehrmals Sportschulstandorte hinter sich lies.
Die lange Krise des Vereins, die dann den Zeitraum von 2002 bis 2011 prägte, begann mit der Insolvenz zweier großer Sponsoren um die Jahrtausendwende. Nachdem diese noch einige Zeit "ausgesessen" werden konnte, trugen die immer größeren Schwierigkeiten langfristig auch zum Oberliga-Abstieg im Jahr 2007 bei. Zu diesem Zeitpunkt hatte man schon 13 Jahre ununterbrochen dieser Spielklasse angehört, länger als jeder andere Verein.
Die "Brandenburgliga" wie die Verbandsliga ab 2007 genannt wurde, schloss man in den Folgejahren auf guten Plätzen ab, blieb aber von einem Wiederaufstieg immer weit entfernt.
Auch im Nachwuchs brach nach und nach viel zusammen, so das die einstmals im Land sehr geachtete "Talentschmiede" vor allem im Großfeldbereich gerade noch Mittelmass darstellte, das zum gleichwertigen Ergänzen der ersten Mannschaft immer weniger beitragen konnte.